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无牙颌患者口腔菌群组成的焦磷酸测序分析

大C-会员头像-www.bzwz.com标准物质网 大C 0 399 2021-12-17
【摘要】目的研究无牙颌患者的口腔菌群组成。方法收集11例无牙颌患者口底/舌腹、舌背、唇颊前庭、硬腭/牙槽嵴顶、唾液中的菌斑样本,构建细菌16SrRNA基因文库,采用焦磷酸测序法对16SrRNA基因的V2-V3可变区进行序列分析,完成无牙颌患者口腔菌群的物种鉴定。结果11例无牙颌患者共测得51091条16SrRNA基因序列,主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门,多为链球菌属、奈瑟菌属、卟啉单胞菌属、罗氏菌属等,优势菌种为缓症链球菌、毗邻颗粒链菌、殊异韦荣菌、香茅醇假单胞菌、副猪嗜血杆菌、动物口腔奈瑟氏球菌、卟啉单胞菌、黏液罗氏菌。结论牙列缺失对无牙颌患者的口腔菌群组成有一定影响。
  • 牙列缺失后,定植于牙齿表面的细菌因丧失栖息场所而发生一定程度的改变。有研究表明,全部牙齿丧失会改变口腔细菌的类别和数量。以往观点认为,定植于天然牙表面的牙周致病菌,如牙龈卟啉单胞菌、伴放线放线杆菌等,会随着牙列缺失而消失。但有学者通过分子杂交法发现,个别牙周致病菌依旧生长在佩戴义齿者的口腔内。牙列缺失后,咀嚼功能大大降低,对唾液腺刺激功能亦显著下降,唾液分泌及流量的减少会影响口腔细菌定植,进而影响口腔菌群的组成。然而,对无牙颌患者口腔菌群组成的研究目前仍鲜有报道。

    焦磷酸测序技术(pyrosequencing)应用广泛,涉及古生物学、海洋生物学、人类学以及癌症、传染病等多个研究领域。焦磷酸测序技术所获得的基因片段大小约200bp,在细菌微生态研究中,可针对细菌16SrRNA(核糖体RNA)基因序列的可变区进行分析,是分析口腔菌群物种丰富度的有效方法之一。本研究拟采用高通量的焦磷酸测序技术,对11例无牙颌患者口腔菌群的群落结构进行解析,综合、全面地探究其口腔菌群组成。

    1材料和方法

    1.1研究对象

    收集2009年1月至2010年2月在上海第九人民医院口腔修复科就诊的11例健康无牙颌患者,年龄60~65岁。牙列缺失6个月暂未修复,口腔粘膜健康、无厚重舌苔;3个月内无抗菌素使用史;排除口腔异味、呼吸系统疾病、消化系统疾病、实质性脏器损害以及糖尿病、嗜烟酒史。实验对象知情并签署知情同意书。

    1.2实验材料与设备

    棉试子基因组DNA试剂盒(Tiangen,上海),击打器(ScientificIndustries,美国),ND-1000紫外分光光度计(NanoDrop,Thermo,美国),UVGIS-2008凝胶成像系统(天能,上海),454LifeScienceGSFLX测序仪(国家基因组南方中心,上海)。

    1.3实验方法

    1.3.1唾液标本收集

    收集餐后2h的全唾液。无菌双蒸水漱口3次后取约3mL唾液于Eppendorf管中。同时取1mL无菌双蒸水于Eppendorf管中作为对照。

    1.3.2粘膜菌斑标本收集

    收集餐后2h的口腔粘膜菌斑。无菌双蒸水漱口3次后,无菌棉球隔离唾液,无菌棉拭子擦拭口底/舌腹、舌背、唇颊前庭、硬腭/牙槽嵴顶处粘膜,收集粘膜菌斑,每个位点反复擦拭10次以保证菌量,置于Eppendorf管中。同时取一个无菌棉拭子置于Eppendorf管中作为空白对照。

    1.3.3样本保存

    所有样本收集后立即-80℃冻存。

     


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