北方伟业计量集团有限公司
3.2麝香通心滴丸入血成分网络药理学研究
3.2.1作用靶点预测
将麝香通心滴丸8个入血成分上传至PharmMapper数据库后得到的所有靶点,删除重复并整合得到作用靶点249个。通过与GeneCards数据库中的1 778个与冠心病相关基因进行匹配,并通过R软件绘制韦恩图,筛选出134个成分-疾病交集靶点,见表2、图10。再通过Cytoscape 3.7.1软件将8个入血成分与134个成分-疾病交集靶点相连,绘制出麝香通心滴丸的药物-靶点相互作用的网络图,见图11。
3.2.2蛋白相互作用网络构建与分析
将韦恩图得到的134个交集基因输入String数据库中进行分析得到PPI图,见图12,其中包括134个节点,347条边,平均节点度值为5.18,PPI富集P值少于1.0×1016,其中节点表示蛋白,每条边则表示蛋白与蛋白之间的相互作用关系,线条越多表示关联度越大。将String中下载的tsv文件用R语言进行处理(以各蛋白连接的节点个数为指标,列举节点数排名前30个的蛋白),得到PPI中的核心基因丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、酪氨酸激酶(SRC)、磷脂酰肌醇3激酶(PIK3R1)等核心基因,见图13。
3.2.3靶标GO富集分析及通路富集分析结果
利用David 6.7平台对134个药物-疾病交集靶点进行GO富集分析及通路富集分析。GO富集分析包括分子功能分析、细胞组分分析、生物学过程分析,以-lgP值进行排名并列出排名前15的途径,见图14。在分子功能层面主要涉及类固醇激素受体活性、配体依赖性核受体活性等方面;在细胞组分层面主要涉及细胞外基质、细胞质、细胞质囊泡等方面;生物学过程层面主要涉及有机物质的反应、内源性刺激的反应、激素刺激的反应、调节细胞增殖等方面。对富集得到的通路结果,以-lgP值及各通路连接的基因数从大到小进行排名,见图15。通过查阅文献,该8个入血成分可能通过ErbB signaling pathway、VEGF signaling pathway、PPARsignaling pathway等信号通路治疗冠心病。
3.2.4分子对接
将上述8个入血成分与上述互作关系排名前10的核心靶点进行分子对接,结果见表3,结合能(affinity)越小则对接结果越好,affinity<-7表示具有较好的结合活性,可见该8个入血成分与大多数核心靶点对接结果基本较好。其中,去乙酰华蟾毒精与MAPK1结合活性最高,其分子对接细节模拟见图16,可知小分子结合在蛋白的活性口袋,并且有和活性口袋有较好的匹配。
声明:本文所用图片、文字来源《中成药》2020年10月,版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题,请与本网联系
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